دیزل در بعدازظهر ۲۹ سپتامبر ۱۹۱۳ در آنتورپ سوار بر کشتی بخار ادارهٔ پست به نام درسدن شد تا برای ملاقاتی به لندن برود. او شام را بر روی عرشهٔ کشتی خورد و سپس برای استراحت در حدود ساعت ۱۰ شب به کابینش رفت و سپرد تا او را در ساعت ۶:۱۵ صبح روز بعد بیدار نمایند. اما او پس از رفتن به کابینش دیگر مشاهده نشد و ۱۰ روز بعد، جسد مردی که بر روی آب دریا شناور بود توسط خدمهٔ کشتی هلندی کورنسن پیدا شد. جسد در حال متلاشی‌شدن بود و به همین دلیل خدمه تنها لوازم شخصی همراه آن شامل جعبهٔ قرص، کیف پول، چاقوی جیبی و جعبهٔ عینک را برداشته و جسد را بار دیگر به دریا انداختند. در ۱۳ اکتبر پسر دیزل، اُگین این اشیاء را به‌عنوان متعلقات پدرش شناسایی نمود .
نظرات گوناگونی دررابطه با مرگ دیزل ارائه شده‌است. کسانی همچون گروسر که به نوشتن زندگی‌نامهٔ دیزل پرداخته‌اند خودکشی را محتمل‌ترین دلیل مرگ او دانسته‌اند اما نظراتی مبنی بر به قتل‌رسیدن دیزل توسط کسانی که موقعیت نظامی و کاریشان به‌خطر افتاده بود نیز وجود دارد. با این حال شواهد محدودی برای پذیرفتن هر کدام از این توضیحات به‌عنوان دلیل اصلی مرگ رودلف دیزل وجود دارد .
در حال حاضر کمپانی های کامینز | کاترپیلار | ولوو پنتا | پرکینز | ام تی یو | دوسان | کوهلر | دویتز | جان دیر ، از برترین تولید کنندگان صنعت دیزل ژنراتور میباشند.