1- در روش كلرزني ، لاشه ميكروارگانيزمهاي غير فعال شده ، در آب باقي مي مانند و ممكن است كه خوراك مناسبي براي انگل ها و باكتري هاي ديگر شوند. در حالي كه با تصفيه آب به روش اولترافيلتراسيون ،‌ ميكروارگانيزمها به روش فيزيكي كاملا از آب حذف مي شوند و در واقع آب استريل مي شود.
2- برخي از ميكروارگانيزمها نظير كريپتوس پوريديوم كه يك تك ياخته انگلي است، نسبت به كلر مقاوم است و با كلرزني از بين نمي رود در حالي كه با تصفيه آب به روش اولترافيلتراسيون، كليه انگل ها ، باكتري ها و ... از آب حذف مي شوند.
در تصفيه آب به روش اولترافيلتراسيون ( ( Ultra Filtration آب از يك غشاء ( Ultra – Filter Membrane ) كه داراي منافذ بسيار ريز با حداكثر قطر 02/0 ميكرون است ، عبور داده مي شود. ريزترين ميكروارگانيزمي كه مي تواند در آب وجود داشته باشد ويروس پوليو ، عامل بيماري فلج اطفال است كه اندازه آن از 02/0 ميكرون بزرگتر است. ساير ميكروارگانيزمها قطري به مراتب بزرگتر از اين اندازه دارند. بنابراين با عبور آب از منافذ اين غشاء مذكور كليه ميكروارگانيزمها به طريق فيزيكي از داخل آب حذف مي شوند چرا كه قادر به عبور از منافذ غشاء نيستند.